En realidad, la respuesta es anti-intuitiva.
El término "alma" en el mundo de Naruto es usado de forma simplona y superficial, pero Kishimoto en la misma obra demostró tener conocimientos más avanzados sin exponerlos de forma directa y evidente la historia.
Es necesario saber, que espíritu y alma no son lo mismo, y que el cuerpo astral no es lo mismo que el espíritu o alma. En la obra, cuando se muestra el alma de los muertos, en realidad se muestran "cuerpos" astrales (como en el caso del Edo Tensei), u otro tipo de manifestación del alma (como en el caso del chakra de Indra mostrado en Sasuki y el chakra de Ashura mostrado en Naturo).
El cuerpo "físico", el cuerpo astral y el espíritu son todas manifestaciones de una sola cosa, el alma.
Entendiendo que el alma de los personajes no son los "fantasmas" que se ven en la serie, es más fácil entender que el ALMA puede estar en más de un lugar en el mismo momento en el plano físico.
El alma de Indra, Madara Sama y Sasuki es una sola, es la misma, lo que cambia son sus cuerpos "físicos", sus "cuerpos" astrales y sus espíritus. Lo mismo con Ashura, Hashirama y Naturo, comparten la misma alma. Lo que pasa, es que el edo tensei y el rinne tensei modifican la "normalidad" del Ciclo/Rueda del Samsara, por eso hubieron momentos en que el alma de Ashura e Indra se manifestaba en más de una persona a la vez en el plano físico.
Ojo, los transmigrantes no son las mismas personas, son la misma alma que es diferente.
Cuál es el caso de la reencarnación entonces? Bueno, en ella lo que "vuelve" a un determinado no es el alma en sí, sino una manifestación de la misma, como en el caso del Edo Tensei y el Rinne Tensei.
Prueba de lo que digo es cuando Hogoromo pudo manifestarse canalizandose a través de un trozo de Madara Sama Jinchuriki al contacto con el cuerpo edo de Hashirama, pudo hacerlo, porque Hashirama y Madara Sama nunca dejaron de ser una manifestación del alma de sus hijos.
