Lo siento, pero que Koji sea un clon de Jiraiya si jode y mucho la ya frágil calidad del manga, no es que aprecie mucho Boruto pero tampoco quiero ver esto convertido ver esto convertido en la saga cinematográfica de Resident Evil, donde cada incoherencia la tapaban con un clon (aunque bueh, tapar incongruencias de manera chapucera ya lo hacían desde Naruto, y con los clones cebolla Uchiha más los cuerpos replicados de Delta ya podemos pensar que en cualquier momento sale Mila Jovovic en el manga).
Además, hay cosas que no me cuadran de la teoría de los clones, lo primero es por qué Jigen no hace réplicas de Kawaki si ya se ha patentado la tecnología para producir clones? Ya está demostrado que Kawaki no rechaza el karma, entonces por qué no hacerlo? Si pueden replicar cuerpos como con Delta poco importará el cuerpo de Kawaki en Konoha, solo necesitarían extaer la información de lo que ha aprendido de su mente y eso cualquier Yamanaka lo podría hacer, además Ishikki tendría cuerpos de repuesto en caso de resultar herido ahora que reside en Jigen.
Lo otro que no me cuadra es Koji en sí: ya el mismo Kabuto había mencionado que no pudo ser capaz de tomar muestras del cadaver de Jiraiya ya que no lo pudo encontrar y por eso no lo trajo de vuelta con el Edo Tensei. Eso viniendo de quién encontró al cuerpo real de Madara ya dice mucho.
Además en Konoha seguro reconocen el chakra de Jiraiya (eso teniendo en cuenta que los de la barrera sean capaces de identificar plenamente a cada individuo de la aldea que cruce por los linderos de Konoha). Si Koji es un clon es una copia exacta de Jiraiya, por lo que en serio dudo que los de la barrera ni se mosqueen al sentir el chakra de alguien que lleva años muerto, a lo mucho podrían confundirlo con un Edo Tensei y eso es más que suficiente para hacer saltar todas las alarmas de la aldea.
Teniendo en cuenta estos argumentos, la teoría de Koji como clon de Jiraiya se cae por sí sola.