Naturo es hijo de una Uzumaki y de un Namizake, pero el mismo Sabio confirmo que sin las bestias con cola es incluso sorprendente lo bajo de su nivel considerando el de sus padres. Naturo es una excepción, ni las cadenas de chakra de los Uzumaki tiene, ni el basto nivel de chakra, si bien era malo usando el chakra, además tenía poco, lo que le impedía hacer meros clones "normales" (los que son "meras ilusiones"), a penas podía hacer uno y le quedaba horrible. No fue hasta el incidente en que Iruka le salvó la vida en que Kurama empezó a poder darle chakra, y desde entonces, cada una de sus proezas fue mayormente "por Kurama". "Sin Kurama" (o más bien con el boost normal por parte de Kurama) apenas podía invocar un pequeño sapito, tuvo que "pedirle chakra directamente" a Kurama para poder invocar a Gamabunta (una enorme proeza, pero que solo logro gracias a Kurama, que era parte de él), y para ese entonces ni siquiera estaba enterado que Kurama siempre le daba chakra, eso solo lo había detectado Kakashi en la primera misión fuera de la aldea y Jiraiya. Yamato no tenía idea del plan de Kurama y debió haber creído que al menos "en base" no se le "filtraba chakra del Kyubi", lo que lo llevo a sobreestimar mucho las capacidades de Naturo sin esa parte de él llamado Kurama, ignorando que Kurama constantemente daba chakra para intentar romper eventualmente el sello, claro, el estado emocional de Naturo determinaba que tanto podía darle, pero ninjas como Yamato no fueron capaces de ver más allá de una "aparente filtración porque el sello está debilitándose por algún motivo".
Y Shikamaru no es un ninja normal, es parte del clan Nara, que conforma el trío Ino-Shika-Sho junto a otros dos clanes, es un clan de importancia dentro de la aldea más OP de todas, la Oculta entre las Hojas.
Los únicos momentos en que Naturo no tenía apoyo de Kurama era antes de que se graduara a genin, y en ese entonces no solo mostraba torpeza (que mucha gente suele confundir con los efectos que sufrió por un tiempo por la modificación al sello que le hizo Orochimaru en el Bosque de la Muerte pero que luego Jiraiya deshizo), si no niveles normales o incluso sub-pares de chakra.
Insisto, creo que no entienden "el mensaje" de Naruto, "el mensaje", es en parte, que el trabajo en equipo es clave para lograr grandes cosas, al punto de qué un "fracasado en solitario" puede superar al máximo prodigio gracias al trabajo en equipo y a la amistad, básicamente Ashura e Indra, Naturo y Sasuki.