No olvides a los bijuus, sin esto, células de harishama y sharingan no eras nadie.
Uuh cómo lo olvidé, no me gustó que Kurama sea el más roto, pudieron estar más balanceados. En la Guerra Final horrible todos con el manto del Kyūbi, por lo menos y sumabas al Hachibi. No me gustó la dependencia de estos poderes, le resta demasiado a su Sistema de Poder.
En lo personal, respecto a qué sagas podrían abordar, prefiero ver mayor expansión de su mundo, siempre me hizo ruido que en un principio todo se resumía a 5 naciones, eso era todo? Para mí podrían explorar nuevos países, continentes, culturas. Sobre esto existe el problema de "qué mierda hacían mientras el mundo corría peligro" y pues la salida a esto sería el darles su independencia, que mientras vos tenías tus kilombos yo tenía los míos.
Me hubiera gustado ver el Modo Ermitaño de otras invocaciones (porque yo creía que cada invocación tenía su Modo Ermitaño). Una travesía por ese mundo o país en el que existen estas y desde ahí explorar todo ese mundillo.
Más pergaminos con técnicas secretas, no sé por qué lo dejaron de lado, siempre quise saber qué mierda hacía el último pergamino de Sasori (tal vez sí se vio y me lo pasé por alto).
Sobre conflictos que se puedan abordar, pues hay de todo y para todos. Desde algo con un tono serio como ya mencionaron comentarios más arriba acerca del avance tecnológico y la posible conclusión de la Era Shinobi, el surgimiento de un grupo extremista que busca mantener viva esa forma de vida.
Algo más "shonen" podría ser que con todos los kilombos ocurridos despertaron o rompieron el sello de un antiguo clan chetado. Un país de otro continente se encontraba expandiendo su territorio y pues ahora le toca al que conocemos. O que empiece de manera política con nuevas naciones provenientes de otro continente, entablando relaciones amistosas que no son más que una fachada para invadir sutilmente las 5 Grandes Naciones que porque casi se chingan todo el planeta por lo que representan un peligro constante (como los vecinos que siempre hacen fiestas de sexo, alcohol y drogas, y que ya te tienen totalmente emputado y piensas en matarlos).
Algo con más lucecitas y putazos, aprovechando el tema Ōtsutsuki, que lleguen nuevos Bijuu de una lluvia de meteoritos global, de esa forma surgen nuevos Jinchuriki, llegan grupos Ōtsutsuki eventualmente, pero antes ya surgen nuevos ninja tipo Kisame, Guy y Deidara, todo termina en una pelea a 6 bandas (Jinchuriki, Ōtsutsuki, nueva organización rota, nuevos clanes de otros continentes, nuevos ermitaños, 5 naciones clásicas).