El Tsukuyomi es un genjutsu "ocular", por ende necesita si o si del MS. El Amaterasu por su parte es un ninjutsu "enfocado visualmente" por el MS, por lo mismo, se necesita de dicho doujutsu para utilizarlo. El Susanno a diferencia de los anteriores, solo es "chakra concentrado y estabilizado", y el chakra esta en el cuerpo entero y no exclusivamente en los ojos, por lo que en teoría no se vislumbra como necesidad lo de tener MS para utilizarlo (pero si para despertarlo, por algo Obito nunca uso Susanno).
Yo creo que como todo lo relacionado al sharingan, la cosa va de entrenamiento y tiempo de utilización, por ejemplo, se dijo que el sharingan consume bastante chakra, pero Itachi puede tenerlo activado como si nada todo el tiempo (por entrenamiento constante con el sharingan), el propio Kakashi cada vez podía hacer mas kamuis (cuando a principios de shippuden uno lo mandaba a coma), y así, Madara por su parte se curtió en guerras, estuvo mucho tiempo con MSE, y mas encima necesitaba tener activo todo el tiempo el Susanno o Hashirama se lo cagaba de un hit, es obvio que su cuerpo ya habrá asimilado al Susanno al punto de no necesitar sus ojos para manifestarlo.