¿Esto se aplica a los juegos o también al anime?

A ambos. En el anime ya no muestran ni mencionan nada de la forma "Mega" de Greninja, en su lugar su habilidad ahora funciona similar al Aura de Lucario, como un boost de feats a base del aura y vínculo con el entrenador.

¿Y porque el cambio entonces tras tanto tiempo?
Hubo quejas o algo parecido?

Hasta ahora se desconoce la razón principal, pero uno puede intuir que se debió a lo siguiente:

1. La derrota de Greninja en la Final de la Liga Kalos, previo a eso Greninja era colosalmente amado y querido, pero esa derrota le costo un hate masivo al anime y los guionistas
2. El cambio de dirección del anime, no es sorpresa que tras acabar XYZ el anime cambio totalmente su rumbo con Sol y Luna (comedia slice of life) y Journeys (aventura)
3. Que los puñetas de Gamefreak no quisieran que Greninja superara en popularidad a Charizard, Pikachu, Mewtwo y otros preferentes, por lo que optaron por mandarlo a la chingada

Tampoco ayudo que los puñetas de Gamefreak canonizarán a Ash Greninja en los juegos DESPUES de su derrota en la Liga Kalos.

No sé sabe la razón por la cual en el anime no quisieron mostrar dicha forma, en los juegos da igual, esta forma de Greninja nació como algo exclusivo en el anime y solo porque el Pokémon se hizo popular quisieron pasarla para los juegos.
Y con los juegos andan cambiando cosas desde espada y escudo.

¿Entonces esa final robada tuvo consecuencias?

El punto es que no afecta en nada realmente si la forma de Greninja se mantiene o no. Ya la usaron y así quedó, no se ve que quieran volver a usar al Pokémon.

Al menos dentro del anime, si, para Sol y Luna incluso tengo entendido que contrataron a otro director y como ya no querían seguir la misma formula de siempre decidieron cambiar el rumbo, es algo que el anime ha hecho despues de Diamante y Perla para mantener el status quo:

Black y White: una serie que se siente como un soft reboot, con un Ash MUY idiota y unos amigos parecidos a Misty y Brock
XYZ: una serie mas enfocada en la acción como un shonen y algo de romance
Sol y Luna: una serie centrada mas en la comedia, la familia y el slice of life
Journeys: una serie alejada de casi todos los cliches de sus predecesoras y con una GRAN fijación en la continuidad

Y no es sorpresa que Sol y Luna fue super hateado incluso por eso: muestras la derrota de Greninja y poco despues el tráiler de Sol y Luna con el cambio de diseños, claramente los de marketing no lo pensaron muy bien...

De que se llevaron una ola de hate es un hecho, muchos se ilusionaron con esa final...
Aún recuerdo cómo en Youtube los preview del anime se llenaron de Dislike.

Que tiempos con 2016, fue un desmadre en aquel entonces y esa ola de hate, y tuvieron que calmarlos con el "beso" offpanel de Serena y el fanservice de Zygarde (aunque ese ultimo si estuvo muy bueno) XD

Pues parece que pese a no ser programado, le hacen una mención a Ash-Greninja en los juegos.

No se ve la imagen.

Pues yo si, y ahora?