Rin Tohsaka y Luviagelita “Luvia” Edelfelt reciben la misión de encontrar las siete “Class Cards”, artefactos medievales legandarios que contienen la esencia de vida de los Espíritus Heroicos. Para ayudarles, se les entrega el poder de Ruby y Sapphire, dos poderosas e inteligentes Kaleidosticks que son capaces de transformarse en chicas mágicas e incrementar enormemente sus poderes.

No obstante, Rin y Luvia se encuentran en malos términos, llevando a las Kaleidosticks a abandonarlas y buscar nuevos maestros. Allí es cuando se encuentran con dos chicas, Illyasviel von Einzbern y Miyu, y las convencen de hacer un contrato. Con nuevos poderes y responsabilidades, Illya y Miyu tendrán ahora que buscar las “Class Cards”.